Los poderes plenipotenciarios conferidos al general Kammelr abrieron ademas a los técnicos de la SS las puertas de todos los centros gubernamentales o privados que hasta entonces se habían mostrado reactivos a una colaboración directa. Así, quedaron bajo su control el Forschungs-institut de Lindau am Bodensee, que se ocupaba de investigaciones acerca del aire líquido y de «armamentos especiales», a cuatro pasos de la Selva Negra; las varias secciones del Kaiser Wilhelm Institut; los restos del famoso centro báltico de Peenemünde, repartidos entre Baviera, Kochel, Garmisch y Oetzal; las oficinas técnicas proyectistas de las firmas y los laboratorios de los politécnicos y de las universidades. A pesar de ello, la SS no pudo extraer de la nueva situación todas las ventajas que ésta le hubiera ofrecido en otros tiempos, la primera de las cuales hubiera sido el complejo control industrial y económico de la nación entera.
La colaboración entre los varios centros y las fábricas se hizo cada vez mas precaria. la distribución y la instalación subterránea de las industrias exigía tiempo y energía en una medida desproporcionada a las disponibilidades efectivas.
A pesar de la abnegación de los combatientes, de la disciplinada resignación de la población civil, del férreo encuadramiento de las maestranzas y de la despiadada aplicación del trabajo forzado a una inmensa multitud de prisioneros, la situación empeoró continuamente. En Oriente, los ejércitos rusos ya habían penetrado en las fronteras nacionales y los anglosajones se adentraban cada vez mas profundamente no sólo mediante los bombardeos, sino también con el empleo intensivo de saboteadores, más peligroso todavía, porque a diferencia de las bombas, atacaban en silencio y penetraban en los laboratorios subterráneos, interrumpiendo investigaciones vitales.
El criterio de instalar en subterráneos a las industrias y a los nuevos centros experimentales (entre otras cosas, se tendía a una fusión de los dos organismos complementarios con el fin de ahorrar tiempo y transportes), que hasta octubre de 1944 habían funcionado a instancia de las oficinas gubernamentales apropiadas y las firmas particulares o directamente entre estas ultimas y las varias empresas privadas de excavación, fue unificado por el ministerio Speer con la creación de una entidad estatal, la Industrikontor G.M.B.H., de la cual debían depender las construcciones de complejos subterráneos, y las empresas, dirigidas o controladas por la Organización Todt, que tendían el encargo de adaptarlas o de esquivarlas.
La mano de obra para los trabajos de excavación (presos políticos y de guerra) era proporcionada y supervisada por la SS. Por tanto, era inevitable que ésta tomara por fin el control de toda la operación. Esta fue, incluso, llevada a cabo por iniciativa propia, es decir, echando de lado a la Industriekontor y arrebatando el proyecto a la Todt, algunas veces con objeto especulativo, otras para ocultar mejor ciertos laboratorios secretos que pertenecían estrechamente al cuerpo, como el de Linz St. Gerogen, en Austria Superior. Pero los habituales contrastes ideológicos y la bien conocida intransigencia de los nuevos dirigentes retardaron en todo caso los trabajos, tanto es así que, en diciembre de 1944, sólo se habían llevado a cabo tres quintas partes de las obras de alojamiento subterráneo previstas.
El general Kammer se excusó ante Himmler por este fracaso parcial, aduciendo el desfavorable curso de la guerra y la escasez de maquinaria, carburante y personal. Extrañamente (si bien tal vez existían entendimientos secretos), el Reichsführer-SS Himmler no se lo tomó a mal y no destituyó ni amenazó a su subalterno. Se limitó simplemente a escribir con lápiz rojo en el margen del parte de Kammer: «Sehr gut» (Está bien)
De hecho, la mayor parte de los establecimientos excavados durante la primavera anterior figuraban o estaban próximos a figurar en la retaguardia alemana, y en la mente de Himmler se iba forzando siempre mas la idea de la «fortaleza bávara», llamada así por el puro chauvinismo, porque hubiera debido incluir también el Tirol austriaco y los Dolomitas italianos.
El meridiano del Reich no había sido descuidado. Técnicos de la SS y funcionarios de confianza del ministerio Speer, aún cuando operaban por separado, habían transferido o estaban trasladando la mejor parte del equipo técnico-científico para el rearme de la Wehrmacht y se dedicaban febrilmente a ponerlo nuevamente en actividad.
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